NVO v javnem interesu ima obveznost vsako drugo leto (od pridobitve statusa) do 31. marca ministrstvu, ki ji je podelilo status NVO v javnem interesu, predložiti:
- poročilo o delu, iz katerega so razvidni programi, projekti ali druge aktivnosti z navedbo pomembnejših dosežkov, ki jih je organizacija izvajala v javnem interesu na področju, kjer deluje v javnem interesu, za pretekli dve koledarski leti, z dokazili o aktivnostih in pomembnejših dosežkih, in poročilo o porabi sredstev za izvajanje aktivnosti v javnem interesu;
- program bodočega delovanja za najmanj dve koledarski leti.
Če NVO te obveznosti ne izpolni niti v roku 30 dni po opozorilu ministrstva, se ji status odvzame.
NVO v javnem interesu ima tudi dolžnost obveščati ministrstvo o spremembah, ki lahko vplivajo na izpolnjevanje pogojev za podelitev statusa NVO v javnem interesu, in sicer:
- spremembo ustanovitelja, po kateri na položaj novega ustanovitelja vstopi pravna oseba,
- spremembo ustanovitvenega akta, ki se nanaša na namen organizacije, dejavnosti organizacije, uporabo presežka prihodkov nad odhodki ali na prenos premoženja v primeru prenehanja,
- spremembo sestave poslovodnega organa, organa upravljanja ali organa nadzora, po kateri se poveča skupno število glasov predstavnikov države, samoupravne lokalne skupnosti, druge osebe javnega prava, nosilca javnega pooblastila, mednarodne medvladne organizacije, politične stranke, sindikata, zbornice, gospodarske družbe, fizične osebe, ki na trgu samostojno opravljajo pridobitno dejavnost ali druge osebe, ki ni nepridobitna.
Obveznost NVO v javnem interesu je tudi, da na podlagi pisnih strokovnih navodilih pristojnega arhiva izloči iz svojega dokumentarnega gradiva (iz dela, ki se nanaša na delovanje v javnem interesu), arhivsko gradivo (50.b člen Zakona o varstvu dokumentarnega in arhivskega gradiva ter arhivih).